يُعد مجلس كلية الهندسة في جامعة الكرخ للعلوم الجهة العلمية والإدارية العليا في الكلية، إذ يتولى رسم السياسات العامة والإشراف على سير العملية التعليمية والبحثية بما ينسجم مع توجهات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي.
يتألف المجلس من عميد الكلية رئيساً، ومعاوني العميد للشؤون العلمية والإدارية، ورؤساء الأقسام العلمية، ويعمل بروح الفريق الواحد لتحقيق أهداف الكلية وتطوير أدائها الأكاديمي والإداري.
ويختص المجلس بمناقشة وإقرار الخطط الدراسية، ومتابعة شؤون الطلبة، ودعم النشاطات العلمية، فضلاً عن تعزيز جودة التعليم والبحث العلمي، بما يسهم في الارتقاء بمستوى الكلية وخدمة المجتمع.